В Микронезию входит около 1500 островов: архипелаги Кадзан, Марианские, Каролинские, Маршалловы, Гилберта и острова Науру. Все острова небольшие; самый крупный из них Гуам имеет площадь 583 км2.
Западные архипелаги располагаются в поясе геосинклинальных структур дна Тихого океана и являются вершинами вулканами. Рельеф островов гористый (высота от 400 до 1000 м). Острова восточной Микронезии коралловые. Они редко поднимаются над водой более чем на 1,5 – 2,5 м. Многие из них имеют форму типичных атоллов.
Острова лежат в широтах от экваториальных до субтропических. Климат северных островов такой же жаркий и влажный, как и южных. Наибольшее количество осадков (1500-2000 мм) выпадает на восточных склонах гористых островов, наветренных по отношению к северо-восточным пассатам. Ранее склоны покрывали густые влажные вечнозеленые тропические леса, но в настоящее время эти леса сильно сократились по площади. Подветренные склоны островов занимают злаковые саванны. Внутренние лагуны обрамляют мангровые заросли.