В России региональные экономические проблемы осложняются экономическим и политическим неравенством субъектов Федерации. Хорошо известная особенность российского федерализма заключается в том, что он базируется на двух началах: национально-территориальном и административно-территориальном. И хотя Конституция 1993 г. устанавливает равенство субъектов РФ в их взаимоотношении с федеральными властями (ст.5), фактически принцип равноправия не реализуется. Каждый субъект Федерации стремится установить свои собственные «правила игры» с центром - подписано около 30 договоров (из возможных 82), устанавливающих особые отношения между Правительством РФ и субъектами Федерации, в том числе и в бюджетно-налоговой сфере. Данный факт не только увеличивает разрыв между «бедными» и «богатыми» регионами, но и усиливает противоречия между субъектами Федерации, приводит к обострению национальных конфликтов. В результате расширения различных льгот и привилегий центр недополучает финансовые ресурсы, что в известной степени ослабляет его позиции. Таким образом, региональная и национальная проблемы в России тесно взаимосвязаны.
Большинство характерных черт современной национально-территориальной экономической политики России легко прослеживаются при анализе социально-экономического развития Республики Алтай. Данная территория имеет статус национальной автономии с представительством в Центре еще с 20-х гг. прошлого века (как и большинство остальных национально-территориальных образований России). Обретение статуса республики позволило региону экономически обособиться от своего исторического соседа – Алтайского края. И если до этого времени все отрицательные моменты национальной автономии (экономическая депрессивность, хроническая дотационность) нивелировались мощной плановой централизованной экономикой СССР, то с наступлением эпохи вхождения в экономику рынка они проявились в высшей степени. До настоящего времени, несмотря на многочисленные усилия предыдущих и настоящего правительств республики субъект остается дотационным не менее чем на 80-90%, характеризуется отсутствием сколько-нибудь значимых производств, ростом безработицы, низким уровнем жизни населения, высокими ценами и вносит в экономику России свою скромную лепту – 0,02%. Такие же характеристики присущи 2/3 всех национально-территориальных образований РФ. Основная причина здесь кроется не в отсутствии экономического потенциала или трудовых ресурсов, а в банальном стремлении национальных элит паразитировать на статусе национальной автономии. Получается, что Центр сам посредством трансфертов, субвенций и иных финансовых вливаний поощряет автономии к такому способу экономического существования. (Например, в Республике Чечня дотации из федерального бюджета на одного жителя достигают 41 тыс. руб., при этом уровень безработицы составляет 60%). Объяснение этому очень простое – если взглянуть на карту РФ, то можно увидеть, что большинство национально-территориальных образований находятся в приграничных с сопредельными государствами зонах. Обострение национальной розни на фоне локальных экономических кризисов в таких регионах Правительству России политически и экономически крайне невыгодно. Пример кавказских национальных республик показал, что поддержание экономик национально-территориальных образований на уровне некоего близкого к минимальному показателя посредством финансовых вливаний гораздо выгоднее в экономическом плане, нежели содержание в них усиленного контингента федеральных войск и силовых структур или ведение дорогостоящих боевых действий.
Одним из необходимых условий разрешения региональной проблемы является разработка региональной стратегии страны. Одной из составляющих такой стратегии, наряду с политическими, электоральными и иными изменениями, можно считать региональную политику РФ, и особенно региональную экономическую политику.
Под региональной политикой понимается деятельность государства по регулированию экономического, социального, этнополитического, экологического развития страны в пространственном аспекте. Опыт современной региональной политики в России невелик, и при разумности и важности декларируемых целей и задач реальные успехи в этой сфере пока что оставляют желать лучшего. Так, среди долгосрочных приоритетных задач региональной политики называются следующие: