Северное и восточное побережья Ладожского озера относятся к подзоне средней тайги, а южное и западное к подзоне южной тайги. Для средней тайги характерны ельники-черничники без подлеска, с сомкнутым древостоем и сплошным покровом блестящих зелёных мхов. В подзоне южной тайги господствуют тёмнохвойные породы с подлеском, где иногда встречаются липа, клён, ильм, появляется травяной ярус с участием дубравных трав, а моховой покров развит слабее, чем в средней тайге. Наиболее характерный тип леса ельники-кисличники.
Острова озера скалистые, с высокими, до 60-70 м, иногда отвесными берегами, покрыты лесом, иногда почти голые или со скудной растительностью. Южное и юго-западное побережье озера на протяжении 150км заросло камышом и рогозом. Здесь находятся пристанища и места гнездования водоплавающей птицы. На островах множество гнездовий чаек, на них растёт черника, брусника, а на более крупных есть грибы.
В Ладожском озере насчитывается 120 видов высших водных растений. Вдоль берегов островов и материка протягивается полоса тростниковых зарослей шириной 5-10м. В глубоко врезанных в сушу заливов развиваются разнообразные группировки макрофитов. Ширина полосы зарастания в этих местах достигает 70-100метров. Почти полностью отсутствует водная растительность вдоль восточного и западного берегов озера. В открытых водах озера растительность развита слабо. Этому препятствуют большая глубина, низкая температура воды, малое количество растворенных питательных солей, крупнозернистые донные отложения, а также частые и сильные волнения. Поэтому наиболее разнообразная растительность встречается в северном, шхерном, районе Ладоги. В озере распространены 154 вида диатомовых, 126 видов зелёных и 76 видов сине-зелёных водорослей. В глубинных ладожских водах содержится лишь 70 тысяч микроорганизмов в см³, а в поверхностном слое от 180 до 300 тысяч, что говорит о слабой способности озера к самоочищению.
В Ладожском озере было выявлено 378 видов и разновидностей планктонных животных. Больше половины видов приходится на долю коловраток. Четвертую часть общего количества видов составляют простейшие, а 23 процента падает совместно на ветвистоусых и веслоногих рачков. Наиболее распространёнными в озере зоопланктонными видами являются дафнии и циклопы. Большая группа водных беспозвоночных животных обитает на дне озера. В Ладоге их найдено 385 видов (в основном различные рачки). Первое место в составе бентофауны принадлежит личинкам насекомых, на долю которых приходится больше половины всех видов донных животных 202 вида. Далее идут черви (66 видов), водяные клещи, или гидрокарины, моллюски, ракообразные и другие.
Озеро богато пресноводной рыбой, которая на икрометание идёт в реки. В Ладожском озере проживают 53 вида рыб. Разновидности рыб: ладожская рогатка, лосось, форель, палия, сиги, ряпушка, корюшка, лещ, сырть, синец, густера, краснопёрка, жерех, сом, судак, плотва, окунь, щука, налим и другие. Воздействие человека на водоём снижает численность ценных рыб лосося, форели, палии, озёрно-речных сигов и других, а атлантический осётр и волховский сиг занесены в Красную книгу России. К наиболее продуктивным районам относится мелководная южная часть озера с глубинами до 20м, где сосредоточен основной промысел рыбы, а к наименее продуктивным северный шхерный район.