Произошло снижение валовых запасов гумуса в пахотных почвах до 10-15% от первоначального, особенно на юге области.
Кислые почвы приурочены к северной части области, где сформированы под воздействием природных условий различные подзолистые и дерново-подзолистые почвы.
Солонцы, солончаки и другие засоленные почвы, и комплексы с их участием приурочены к обширным приозерным впадинам (Тюкалинской, Эбейтинской, Курумбельской, Камышловскому логу), к неогенным озерноалювиальным равнинам (Омь-Иртышской, Саргатской, Алаботинской). Формированию солонцовых и засоленных почв способствует слабая дренированность пород, близкое залегание водоупора и минерализация грунтовых вод.
В последние годы повсеместно наблюдается подъем грунтовых вод, что обусловило рост площади засоленных почв, а также переувлажнение и заболачивание земель. Наиболее сложная по характеру переувлажнения и заболачивания территория центральной и северной части области. Она находится в ареале близкого расположения грунтовых вод (1-3 м), многочисленных озер и болот. Болота занимают 2,0 млн. га или около 14,8% территории области. Использование тяжелой техники и многократные обработки почв усилили механическое воздействие на почву, что привело к переуплотнению верхних горизонтов, снизило их водопроницаемость, усилило поверхностное переувлажнение и даже затопление в западинных формах рельефа.
В области выявлено загрязненных земель 5470 га, в том числе: нефтью и нефтепродуктами 2506 га, тяжелыми металлами 1022 га, нитратами 1397 га, агрохимикатами (пестицидами) 533 га, животноводческими отходами 12 га.