Помимо техногенного воздействия, некоторые проблемы состояния недр Омской области предопределяют также и природные факторы. Это, в первую очередь, отсутствие достаточного количества подземных вод питьевого качества, позволяющего полностью обеспечить потребности населения Омской области в питьевой воде, несоответствие их качества требованиям СанПиН 2. 1. 4. 1074-01 "Питьевая вода".
Результаты выполненной в 2000 г. оценки прогнозных ресурсов подземных вод с минерализацией до 3 г/дм3 показывают, что в целом Омская область обеспечена прогнозными ресурсами подземных вод этой градации. Однако распределение ресурсов подземных вод по территории области, особенно питьевого качества, не равномерно.
В северных районах в разрезе олигоцен-четвертичных отложений практически повсеместно распространены пресные подземные воды. Семь северных районов области (Усть-Ишимский, Тевризский, Тарский, Большеуковский, Знаменский, Седельниковский и Муромцевский), где проживает 6 % населения, полностью обеспечены ресурсами пресных подземных вод с минерализацией до 1 г/дм3. Однако, в этих водах отмечается повышенное содержание железа, марганца, в отдельных случаях органических веществ, обусловленное в большей степени природными факторами.
С севера на юг по территории Омской области прослеживается уменьшение ресурсов подземных вод. В южной части области отмечается недостаток атмосферных осадков, преобладание солончаковых почв, интенсивное испарение и накопление солей в зоне аэрации. Наличие толщи водоупорных неогеновых глин, залегающих практически у самой поверхности, приводит к затрудненному водообмену в системе атмосфера - подземные воды. В результате этих природных процессов происходит формирование подземных вод с повышенной минерализацией и компонентами химического состава, не отвечающими требованиям СанПиНа 2. 1. 4. 1074-01 "Питьевая вода".
Подавляющая часть территории области, за исключением указанных выше северных районов, обеспечена прогнозными ресурсами питьевых подземных вод частично или не обеспечена вовсе. Особое положение занимают юго-восточные районы области (Черлакский, Нововаршавский, частично Русско-Полянский), в которых главную роль в обеспеченности населения водой здесь играют подземные воды водоносного апт-сеноманского комплекса покурской свиты с минерализацией менее 1,5 г/дм3.
Для этих районов основной проблемой являются поиски достаточно надежных источников хозяйственно-питьевого водоснабжения и обеспечение населения требуемым количеством воды. Дополнительные трудности в реализации этой задачи связаны с тем, что в силу условий формирования подземных вод, на территории Омской области практически отсутствуют источники водоснабжения, по качеству полностью удовлетворяющие требованиям СанПиН 2. 1. 4. 1074-01 "Питьевая вода". Увеличение фоновых концентраций микроэлементов в подземных водах прослеживается в региональном плане и в большинстве своем обусловлено природными гидрогеохимическими процессами.
В подземных водах с минерализацией до 1 г/дм3 отмечается повышенное содержание железа, марганца, в отдельных случаях органических веществ. Тем не менее, природное загрязнение подземных вод ни в коей мере не исключает возможность использования их для хозяйственно-питьевого водоснабжения. В большинстве случаев достаточной является их предварительная специальная обработка по доведению кондиций отдельных компонентов до норм, определенных СанПиНом. Исследования последних лет показали, что для доведения качества вод покурской свиты до требований СанПиН 2. 1. 4. 1074-01 необходимо провести обесфторивание, снижение щёлочности, очистку от нефтепродуктов. Основная масса водозаборов, особенно в сельской местности, эксплуатируются, как правило, без соответствующей водоподготовки, что в конечном итоге отрицательно сказывается на состоянии здоровья населения.