В Омске действует аэропорт "Омск-Центральный". Ведётся поиск инвесторов для продолжения замороженного строительства международного аэропорта "Омск-Фёдоровка" в 30 км от города.
В черте города, в Октябрьском округе, находится построенный ещё в период ВОВ аэродром Омск-Северный. Одно время он даже принимал чартерные рейсы гражданской авиации. В начале 2000-х гг. существовали планы его превращения в крупнейший в Сибири грузовой терминал, которые остались неосуществлёнными.
В настоящее время из Омска можно вылететь в Москву, Сургут, Сочи, Краснодар, Хургаду, Новосибирск и Ханты-Мансийск.
В 2010 году осуществлялись регулярные рейсы в Анапу, Баку, Ганновер, Дюссельдорф, Ереван, Красноярск, Нижневартовск, Норильск, Салехард, Якутск, чартерные рейсы в Анталью, Бангкок, Даламан, Ираклион, Шарм-эль-Шейх.