Главными водными артериями страны являются Тигр и Евфрат, пересекающие Месопотамскую низменность с северо-запада на юго-восток и сливающиеся в низовьях в Шатт-эль-Араб, впадающую в Персидский залив. Воды Евфрата, не имеющего в Ираке значительных притоков, расходуются на орошение. Тигр с притоками Большой Заб, Малый Заб и Дияла располагает гидроэлектростанциями. Регулярное судоходство возможно в основном по реке Шатт-эль-Араб. Весной на реках случаются наводнения, для борьбы с которыми созданы наливные водохранилища, позволяющие использовать накопленную воду в сухой сезон. Понижения Месопотамской низменности изобилуют озёрами: Тартар, Эль-Мильх, Эль-Хаммар, Эс-Саадия, Эль-Хаббания. В пустынях во время дождей протекают временные водотоки.
Используемые со времён древнейших цивилизаций Междуречья плодородные аллювиальные почвы Месопотамии в результате многовековой нерациональной практики орошаемого земледелия во многих местах превратились в солончаки, такыры, песчаные пустыни. Но и сейчас в долинах Тигра и Евфрата преобладают орошаемые земли. Бо́льшую часть остальной территории Ирака занимают пустынные злаково-полынные степи, полупустыни и тропические пустыни (на юге). Леса, занимающие 2 % площади страны произрастают в горах (дубы, фисташки, можжевельник, сменяющиеся к подножьям маквисом и колючими кустарниками) и по долинам крупных рек (тамариск, ивы,туранга евфратская). Верхние склоны самых высоких хребтов заняты альпийскими лугами. На юге Ирака возделывают финиковые пальмы.