На юго-востоке Алтая лиственница — основная древесная порода, лучше, чем другие, переносящая континентальность и уменьшение осадков.
Животные горно-лесного пояса представлены обитателями западносибирской тайги, имеются и обитатели гор: бурый медведь, росомаха, горностай, соболь, лось, колонок, дикий козел, кабарга, косуля, волк, лисица, алтайский крот, белка летяга. На границе с горными степями распространены маралы, которых содержат в «садах» — огороженных естественных пастбищах. Из птиц для черневой тайги характерны глухарь, рябчик, кедровка, кукушка, дятел трехпалый, тигровка, в лиственничниках — конек лесной, дрозд-деряба. Вблизи степей лесная фауна перемешивается со степной. Здесь акклиматизировались завезенные ондатра, енотовидная собака, американская норка.
Субальпийский пояс увлажняется обильно (до 1500 мм). Лето прохладное, зимой выпадает много снега. Он лежит до июня — июля. Почвы формируются на маломощном, часто грубом делювии, лишь в понижениях накапливается мелкозем. Распространены высокогорные луговые почвы с бурой окраской, в понижениях оглеены и оторфованы. Характерны единичные угнетенные лиственница и кедр; последний приобретает стелющиеся формы. Обильны кустарники из полярной березки, рододендрона, ив. Травостой достигает 150 см высоты, бывает и выше. Преобладают злаки и разнотравье: маралий корень, борщевик, купальница азиатская.
Судя по почвам и по ряду других признаков, субальпийский пояс — естественноисторическое образование, переходное к альпийским лугам. Производительность субальпийских лугов в среднем не ниже 10 ц/га.
Пояс альпийских лугов располагается на высоте 2200 — 2400 м. Характерны обширные, слегка всхолмленные или волнистые пространства, обычно представляющие высоко поднятые древние поверхности выравнивания. Над ними возвышаются островерхие иззубренные гребни — гольцы, образующие более высокую денудационную ступень. Имеются разрушенные ледниковые цирки, кары, скопления крупнообломочного материала. Для ландшафтов свойственны небольшие озера, в том числе каровые и запрудные, из которых берут начало реки. Прохладное лето способствует сохранению снежных перелетков, которые встречаются и в лесном поясе. Равнинность поверхности приводит к оглеению и оторфованности альпийских горно-луговых с бурой окраской почв, в понижениях располагаются сфагновые болотца. На поверхности многочисленны бугорки, насыпанные алтайскими сурками.
На дренированных участках расстилается ковер из разнотравья. На менее увлажняемых местах примешиваются степные элементы: фиалка, голубки, копеечник, огоньки, маки, лютики, щучка дернистая, осока альпийская, душистый, колосок, альпийская тимофеевка, крапчатая камнеломка. Высота травостоя 15—20 см, отдельных экземпляров до 50см.
Альпийские луга сменяются поясом горных тундр на высоте 2400 —2600 м. Почвы слабо развитые, горно-тундровые. Там, где залегает вечная мерзлота, мерзлотно-глеевые грубого механического состава. Среди растений мало лесных элементов, свыше 40% арктоальпийских видов. Характерны заросли карликовой березы и альпийской ивы, образующие местами ерники. Специфичны стелющаяся дриада, северный мокричник и дерновины сибальдии. Еще беднее участки щебнисто-лишайниковой тундры, занимающие повышенные элементы рельефа, открытые холодным ветрам и окутанные облаками. Высокие места занимают каменистые горные тундры.
В высокогорном поясе обитают: горный баран-архар, горный козел, северный олень, красный волк, в каменистых россыпях — сеноставец, пищуха, встречается снежный барс, тундряная куропатка, кулар (горная индейка). Ряд растений и животных высоких поясов является эндемиками. Летом в высокогорный пояс заходят животные из нижних поясов.