Речной - исторически наиболее древний вид транспорта в Омске, именно в ходе речного похода был основан Омск, на протяжении своей истории город был тесно связан с рекой. Построенный в 1964 году Речной вокзал стоит в самом центре города: на месте основания Омской крепости. В настоящее время, после кризисных 1990-хх годов, Омск вновь связан пассажирским сообщением по Иртышу. ОАО "Иртышское пароходство"осуществляет маршруты на линия Омск-Салехард (через Тобольск, Ханты-Мансийск). На период трёхмесячной навигации по этому маршруту ходят теплоходы "Чернышевский" и "Родина". На сегодняшний день это один из немногих сохранившихся речных пассажирских маршрутов в России. На скоростных линиях Омск-Тевриз и Тевриз-Малая Бича работают скоростные суда Восход и Заря.
Речной грузовой порт находится в Ленинском административном округе. Омский речной порт (основан в 1951 году) расположен в черте города по обоим берегам Иртыша у пересечения его с Транссибом, в 1858 км от устья. Омский речной порт - крупнейший перевалочный порт на Иртыше. В 1970-е годы на его долю падал 31 % общего объёма погрузочно-разгрузочных работ в Иртышском бассейне.