Около 80% территории области составляют Карпатские горы, расположенные тремя главными хребтами (Верховинский хребет, Водораздельный хребет и Полонинский хребет), а также хребтом Вулканические Карпаты и четырьмя менее крупными, но более высокими горными массивами (Черногора, Свидовец, Горганы и Раховский массив). Вершины Черногорского хребта являются высочайшими на территории Украины - вершины Поп Иван и Бребенескул превышают 2 км в высоте, а гора Говерла достигает высоты 2061 м, являясь высочайшей точкой области и Украины. От северо-восточных склонов Карпат Закарпатье отделяют 5 перевалов: Яблуницкий (Яблоницкий), Вышковский, Ужоцкий, Верецкий и Воловецкий высотой от 931 до 1014 м над уровнем моря. Большая часть населения проживает на Закарпатской низменности (высотой до 250 м), занимающей чуть менее 20% территории области.
На территории области протекает 9429 рек и потоков. Крупнейшей из них является Тиса (Тисса), левый приток Дуная, образующийся со слиянием Белой и Чёрной Тисы. В границах области её протяжённость составляет 240 км. Все крупные реки области впадают либо в саму Тису, в том числе Боржава, Рика, Тересва и Теребля, либо в Бодрог на территории Словакии (Латорица и Уж). В области находится 137 естественных озёр, в основном ледникового происхождения, самым большим и глубоким озером Закарпатья является Синевир. Традиционно считается, что географический центр Европейского континента находится на территории Закарпатья близ посёлка Деловое Раховского района (этот факт ныне оспаривается).