Предполагается восстановление выведенных из оборота орошаемых земель на площади 210,9 тыс. га и выращивание на них пшеницы, риса, свеклы, кукурузы, овощей и фруктов. Возможно существенно поднять урожайность этих культур. По мере развития энергетики программой будет предусмотрено расширение площадей обводненных пастбищ и восстановление кормовой базы в дельтах и долинах рек.
Стабилизация гидрологического режима и улучшение качества воды будет способствовать восстановлению нерестилищ и развитию рыбоводства. Предполагается товарное выращивание осетровых рыб в озерах и прудовых хозяйствах, разработка подпрограммы сохранения генофонда ценных пород рыб в самом Балхаше.
Развитие устойчивого транспорта предполагает перестройку автодорожной сети за счет реконструкции дорог местного, республиканского и международного сообщений. Воздушный транспорт может получить развитие за счет расширения аэропорта Алматы, развития и расширения системы обслуживания районов бассейна местной авиацией с базовых аэропортов Боролдая, Талдыкоргана, Балхаша, Аягоза. Программой будет изучены возможности развития пассажирского водного транспорта по реке Или (330 км судоходных путей), Капшагайскому водохранилищу и озеру Балхаш, в рекреационных зонах и природных территориях.
Планируется развитие устойчивого туризма в доходную отрасль экономики региона путем создания высокорентабельной индустрии туризма, способной производить и реализовывать качественный, конкурентоспособный в условиях международного туристского рынка продукт. Правительство РК в долгосрочной программе развития Казахстана определило туристскую отрасль приоритетной, т.к. она обеспечивает приток иностранной валюты, помогает увеличить занятость населения и способствует развитию инфраструктуры страны - дорожного транспорта, торгового, коммунально-бытового, культурного, медицинского обслуживания. Из десяти приоритетных районов, обозначенных в Концепции развития туризма в Республике Казахстан, пять находятся на территории бассейна. Одновременно программой будут предусмотрены защитные от чрезмерной рекреационной нагрузки меры по сохранению памятников природного и культурного наследия.
Приоритетной задачей является оптимизация существующей сети особо охраняемых природных территорий (ООПТ) на основе бассейнового подхода. Ее решение будет основываться на разрабатываемой МПРООС РК новой «Схемы развития и размещения ООПТ», формируемой с учетом предложений общественных организаций и местных органов власти. Схемой предусмотрены краткосрочные, среднесрочные действия – организация новых заповедников, и долгосрочные действия.