До Феодосии разлитые нефтепродукты все же не добрались. А мазутные вкрапления на побережье некоторых бухт в Феодосии экологи объясняли спуском балластных вод с судов.
Некоторые экологи считают, что нельзя утверждать, что мазут осел на дно. По законам физики он должен был всплыть с потеплением воды, а лето в 2008 году было очень жаркое. Но этого же не случилось, поэтому можно сделать вывод или предположение, что весь мазут оказавшийся в море после катастрофы, выбросило на побережье осенью и зимой 2007-2008 года. Появление нефтяных пятен могло бы сорвать курортный сезон, но перед сезоном водолазы обследовали 50 тыс. кв. м морского дна, тех пляжей в Керчи, где зимой и весной наблюдались самые интенсивные выбросы мазута. Техническое обследование этих зон показало, что мазута на морском дне нет.
Почти весь мазут утилизировали.
В марте 2007 года Украина оценила ущерб, нанесенный стране в результате кораблекрушения в Керченском проливе. С российских судовладельцев рассчитывали взыскать почти $1,5 млрд в качестве возмещения убытков. Тем временем в Керченском порту уже несколько месяцев хранились мешки с загрязненными мазутом песком и водорослями.
Смесь собирались утилизировать. После катастрофы экологи собрали на украинском побережье около 5,5 тыс. тонн смеси песка, водорослей и мазута. Мешки со смесью хранились на территории Керченского морского торгового порта на специальной площадке, гидроизолированной несколькими слоями полиэтилена и обнесенной железобетонными ограждениями.
Состояние этой площадки экологи мониторили ежедневно, подтеканий и загрязнений ни разу не обнаружили. Собранный мазут переработали в смесь, которую используют в асфальтно-бетонном производстве для строительства дорог.
Однако не все экологи так оптимистично настроены. Учёные считают, что для реабилитации природы потребуется как минимум десять лет. Сера, которая осядет на дне, не представляет особой опасности, так как это природный элемент, и он и так содержится в морской воде. А вот загрязнение нефтепродуктами представляет куда большую опасность. Часть продуктов покроет поверхность тонкой плёнкой, а более тяжёлые фракции, такие как мазут, осядут на дно, и будут способствовать повторным загрязнениям.
Некоторые российские источники пишут, что даже год спустя побережье Тамани не отчищено от мазута полностью, также не был отчищен один из самых ценных в природном отношении участков Тамано-Запорожского государственного заказника - коса Чушка, где гнездятся во время перелёта десятки тысяч птиц и находятся места нереста ценных пород рыб. В ходе обследования береговой линии экологами были обнаружены два участка, заваленных мешками с собранным мазутной массой. Более того, ближе к южной оконечности косы, на участках, к которым нет подъезда, работы по отчистке не велись. Кроме того, не исключено, что из носовой части затонувшего танкера продолжали вытекать нефтепродукты, так на берегу находили несколько больших комков водорослей и бутылок, испачканных в свежем мазуте. Сразу после катастрофы её пытались поднять, но помешали погодные условия, при этом из резервуаров судна была выкачена заполнявшая их водно-нефтяная эмульсия. Впоследствии обломки хотели
поднять весной, когда море перестанет штормить, но впоследствии решили неподнимать их, так как они "не мешают судоходству и не представляют угрозу экологии". Тем не менее, как отмечают экологи, в целом, картина, увиденная в южной части косы Чушка, оставляет более благоприятное впечатление, чем прежде - время постепенно залечивает следы катастрофы. Однако тот факт, что целого года не хватило на проведение полной очистки побережья Тамани от мазута, свидетельствует о крайне низком уровне ответственности за обеспечение экологической безопасности перевалки опасных грузов в Керченском проливе.
К апрелю 2009 года Российское побережье Керченского пролива полностью очищена, экосистема восстановлена.
Однако в начале июня 2009 года в Керченском проливе обнаружили нефтяное пятно размером 2 на 0,5 км. Как заявила пресс-служба МЧС Украины, причиной его появления, скорее всего, стало всплытие на поверхность моря из-за нагрева воды затаившихся ранее остатков нефти после кораблекрушения в ноябре 2007 года.
Через несколько дней появились новые тревожные сообщения: на береговой линии юго-востока Крыма от села Веселое до поселка Новый Свет появился мазут, который вынесло на пляжи. По данным главы Крымской Академии наук и лидера ассоциации "Экология и мир" Виктора Тарасенко, причина этого в том, что нефтепродукты, попавшие в море с затонувшего корабля "Вера Волошина", достигли суши. Он уточнил, что на берег попало незначительное количество нефтепродуктов, которые занимают небольшую площадь.