Регион расположен на полуострове Индокитай (третий по размеру полуостров на земном шаре) и горных районах на севере от него, вплоть до Тибетского нагорья. Большая островная часть региона — Малайский архипелаг — является наибольшей на Земле группой островов. Из почти 15 000 островов архипелага только 5 имеют площадь свыше 100 тыс. км2 каждый. Берега Юго-Восточной Азии
омываются водами двух океанов - Тихого и Индийского. С востока и юга Малайский архипелаг окружают глубоководные впадины (желоба): Филиппинская (10 265 м) и Яванская ( 7729 м).
Побережье континентальной части региона порезано, здесь преобладают лагунные и выравненные наносные типы берегов. Островная часть имеет более расчлененное побережье. Общая длина береговой полосы региона - почти 67 000 км.
Большая протяжность территории с запада на восток (свыше 4,5 тыс. км), горный рельеф, наличие двух частей — материковой и островной — во многом определяют разнообразие естественных условий этой части Азии. Для региона характерно значительное расчленение рельефа, обусловленное сложной сетью сбросов и складок в молодых горах. На севере Индокитая горы, которые протягиваются в меридиональном направлении (Аннамские, Кравань, Ассамо-бирманские и др.) довольно высокие, к югу они постепенно снижаются, цепи разрываются, а ближе к морю распадаются на отдельные горные массивы и хребты. На юге Индокитая в дельтах больших рек и межигирских впадинах расположены низменности с плодородными аллювиальными грунтами. В рельефе Малайского архипелага и полуострова Малакка преобладают горы и возвышенности, которые часто переходят в прибрежные неширокие заболоченные низменности. Здесь много вулканов, в том числе действующих, только в Индонезии их насчитывается до 60.
Юго-Восточная Азиярасположена в экваториальном (большие части Малайского архипелага) и субэкваториальном (материковая часть) климатических поясах. Высокие среднегодовые температуры (+26° С) имеют небольшие сезонные колебания (2-3° С). Наиболее жаркий месяц — апрель (+30° С). Огромное влияние имеют муссонные ветры, смена которых предопределяет изменение сухого и дождевого сезонов. Филиппинские острова, как никакой другой район земного шара, страдают от тропических ураганов - тайфунов. Каждый год здесь бывает 3-4 сильных и до 20 средних или слабых тайфунов.
Большинство больших рек материковой части начинаются в пределах Гималайско-Тибетськой горной системы. Густая речная сеть имеет дождевое питание. Наполняясь водой в период муссонных ливней, реки чрезвычайно мелеют, а иногда и совсем пересыхают в сухой период года. Наибольшие реки региона - Меконг, Хонг, Иравади, Капуас, Соло и др.Озер немного. Наиболее ярким среди них является озеро Сап, в котором сохранилась морская фауна. В нем много рыбы, и в сухой период местные жители собирают ее корзинами возле побережья.