Одной из основных проблем «выживания» СЭЗ в России является проблема несовпадения декларируемых целей, целей, реально преследуемых при их создании, их противоречия, как интересам регионов, так и Федерации в целом. Руководители регионов видят, как правило, в таких зонах лишь одну «сиюминутную» привлекательную сторону - перспективу получения льгот по полному или частичному освобождению от налогов. Многие полагают, что СЭЗ помогут им избавиться от проблем региона, решить которые сами они не в состоянии: плохого состояния инфраструктуры, развала производства, безработицы, тяжелой социальной обстановки, экологических проблем. И при этом не думают о том, кто же тогда в такую «свободную зону» придет со своим капиталом? Между тем, как отмечено в (23), система предоставляемых свободной зоне льгот должна служить инструментом реализации имеющихся сравнительных преимуществ данной территории, а не механизмом компенсации имеющихся недостатков или отсутствующих здесь факторов развития. Кроме того, средства Федерального бюджета, вкладываемые в создание СЭЗ, в том числе и в виде различных льгот, фактически выделяются за счёт прочих регионов России, может быть, не менее нуждающихся в них в условиях затянувшегося системного кризиса в экономике.
Согласно обследованию, проведенному Институтом востоковедения РАН по 26 странам, собственные затраты по привлечению иностранных инвестиций в СЭЗ составили в среднем 4 долл. на 1 долл. зарубежных инвестиций. В КНР, например, иностранные вложении в четыре СЭЗ составили к концу 80-х гг. 4 млрд. долл., в то время как начальные собственные инвестиции превысили 22 млрд. долл., что в 5,5 раз больше. По существу, вся инфраструктура для СЭЗ была создана за счет централизованных средств. Анализ же отечественных программ создания и развития СЭЗ (например, 19) показывает, что в них закладывается соотношение «собственные – зарубежные» инвестиции, как 3 к 1, причём бюджеты разных уровней в них составляют более 50 % всех средств. Учитывая хроническое недофинансирование расходных статей бюджета, можно предположить, что, как не будут в полной мере выполняться государственные финансовые обязательства, так и иностранные инвестиции будут падать в пропорциональных размерах, что приведёт к хроническому недофинансированию программ развития.
Следует подчеркнуть также, что иностранные капиталы «перетекают» в СЭЗ не для «поднятия» экономики России, а ради получения сверхприбылей. При этом чем более стабильна и развита страна, чем ниже производственные и финансовые риски, тем ниже норма прибыли, являющаяся привлекательной для инвестора. Обычно считается, что свободные экономические зоны способствуют прямым иностранным инвестициям относительно крупных и имеющих хорошую репутацию компаний. Однако, как свидетельствует мировой опыт, мощные транснациональные корпорации не очень нуждаются в привилегиях и возможностях свободных зон. Они могут успешно функционировать и в обычных условиях практически любой страны. И если условия какого-либо государства слишком неблагоприятны, то преимущества, предлагаемые свободными экономическими зонами, вряд ли заставят эти корпорации изменить их стратегию международного развития. В связи с этим возрастает опасность проникновения на территорию СЭЗ неблагонадёжных компаний из числа мировых аутсайдеров и криминализации бизнеса в зоне, что приведёт, если не к полному срыву, то к снижению качества исполнения поставленных задач.