Другой экономической проблемой СЭЗ явилось халатное расходование на местах и тех явно недостаточных средств, что выделяются Федеральным бюджетом под реализацию определённых программ, ставит под вопрос их реальное воплощение. Так, например, по информации (26), специалисты Счетной палаты, на основании постановления Госдумы России от 3 февраля 1999 г., в течение нескольких недель проверяла эффективность использования средств федерального бюджета, выделенных на развитие приоритетных инфраструктурных проектов на территории СЭЗ «Находка» в 1991-98 годах – то есть, фактически, за всю историю её существования. Документ об итогах проверки поступил в Приморье. В нем, в частности, отмечается, что на 1 января текущего года общая сумма долга Административного комитета (АК) СЭЗ «Находка» за использованные кредиты из федерального бюджета составляет 315 млн. руб. При этом основной долг - 59,7 млн. рублей, задолженность по уплате процентов - 124,1 млн. руб. и штрафы - 131,2 млн. руб. В уставной капитал 73 различных предприятий Административным комитетом было внесено 40,998 млн. руб. Никаких доходов от этих вложений не поступало. Более того, по состоянию на 1 января 1999 г. 29 из этих предприятий уже прекратили свою деятельность, а 6 находятся в стадии ликвидации. При этом АК СЭЗ «Находка» вообще не имел право участвовать в создании этих предприятий. Как говорится в отчете Счетной палаты, «одним из наиболее характерных нарушений валютного законодательства является перевод АК СЭЗ «Находка» иностранной валюты в сумме 707 тыс. долл. на счета инофирм в оплату импортных контрактов, заключенных российскими фирмами, без лицензии (разрешения) Банка России, что противоречит требованиям Закона РФ «О валютном регулировании и валютном контроле».
Характерна и проблема отечественной «оффшорной» зоны в Ингушетии. За время её функционирования так и не были созданы регулятивные механизмы, адекватные поставленным задачам. На конец мая 1995 года из 2067 зарегистрированных в зоне предприятий функционировали на её территории лишь 19 (0,01%). Остальные 99,9% лишь воспользовались льготами для увода своих капиталов от налогообложения, пользуясь тем, что в РФ налоги начисляются по месту юридического адреса налогоплательщика. Как отмечает (29), зональные льготы из инструмента модернизации экономики и привлечения в страну иностранных инвестиций превратились в средство скрытого субсидирования определённых региональных группировок и способ первоначального накопления капитала с последующим его переводом за рубеж. Решение этой проблемы видится в переводе льгот на региональный уровень, а федеральные средства следует направлять в СЭЗ в виде целевых кредитов и инвестиционных программ под строгим контролем центра.
После кризиса 17 августа к финансовым проблемам СЭЗ добавилась также проблема доверия к государственным гарантиям предоставляемых кредитов, проблема кредитоспособности отечественных финансовых институтов.
Кроме программно-целевых и финансовых, в ряду общих для всех СЭЗ социально-экономических проблем следует выделить:
ü неразвитость инфраструктуры и промышленности;
ü разрыв и перераспределение хозяйственных связей предприятий, отсутствие защиты отечественных товаропроизводителей на международном рынке со стороны государства;