Загрязнение водной среды является другой насущной проблемой Московской агломерации. Часть вод перед сбрасыванием в водоёмы подвергается очистке, при этом образуется около 5 млн. тонн осадков ежегодно. Их утилизация и захоронение представляют серьёзную проблему. Большие площади под Москвой занимают поля фильтрации, на которых происходит очитка сточных вод. Самые большие из них находятся под Люберцами. Тем не менее около 80% сточных вод остаются загрязнёнными. Что же касается загрязнения водоёмов, то общая масса загрязняющих веществ, сброшенных в реки Московской агломерации за последние годы, уменьшилась на 10%.
В Москве и её агломерации ежегодно образуется около 13 млн. тонн различных отходов, из них 42% поставляют станции по обработке сточных вод, 25% - промышленность, 20% - коммунальное хозяйство и 13% - строительная индустрия. Объём перерабатываемых отходов составляет не более 10% от образующихся, остальные подлежат захоронению и выбросу в водоёмы. Что касается захоронений отходов на территории Московской агломерации, то примеров можно привести множество: так, под Загорском находится крупнейший могильник радиоактивных отходов, а в районе Люберец недавно обнаружено захоронение продуктов разработки бактериологического оружия.
Есть ли выход? Оказывается, есть. В целом существует три стратегических направления, в которые и нужно направить огромный потенциал, которым обладает Москва и её пригороды.
Первое из них - инженерно-технологическое. Его задача - разработка новых, безопасных технологий: безотходных и малоотходных, улавливание опасных ингредиентов промышленных отходов, улучшение санитарно-гигиенического обустройства рабочих мест с применением индивидуальных средств защиты. Это направление призвано решить проблему "в корне", но на это уйдёт не одно десятилетие. Второе направление - организационно-юридическое. Оно отвечает за контроль над предприятиями в соответствие с экологическими требованиями. Эта сфера в условиях перехода России к рыночным отношениям развивается сравнительно интенсивно. Появились официальные документы, регулирующие взаимоотношения между предприятиями и обществом в экологическом плане. И, наконец, третье направление - планировочное, которое позволит оптимально использовать природные ресурсы и свести к минимуму отрицательное воздействие неизбежных загрязнителей.
Это всё в общем. Есть и вполне реальные перспективы, предложенные последним Генпланом. Во-первых, на базе последних достижений научно-технического прогресса предусматривается применение экологически безвредного топлива, совершенствования инженерной инфраструктуры, применение прогрессивных методов планировки и застройки. Во-вторых, предусматривается формирование системы охраняемых территорий в пределах Москвы и её агломерации. В-третьих, площадь территорий в границах московского природного комплекса, использование которых регулируется, увеличится с 30,3 до 35,1 тыс. га.