По акватории моря проходят транспортные пути. Они связывают основные порты -Магадан (Нагаево), Аян, Охотск, Советскую Гавань, Корсаков, Николаевск, Комсомольск и другие с российскими и зарубежными портами. Отсюда вывозятся и сюда поступают различные грузы из портов России, ближнего и дальнего зарубежья.
Разносторонняя хозяйственная деятельность заметно влияет на формирование экологической ситуации в море. Однако степень негативного воздействия на морскую среду неодинакова в разных местах, что определяет различие экологических условий.
Антропогенное воздействие на морскую среду в основном проявляется в ее загрязнении. Его основные источники — стоки промышленных и коммунальных предприятий. По имеющимся данным, в 1996 г. в Охотское море было сброшено 256 млн т сточных вод, из них требующих очистки — 46 млн м3. Со сточными водами в море поступают нитраты, нефтепродукты, железо, синтетические поверхностно-активные вещества, фенолы и другие загрязнители.
Наиболее загрязнены прибрежные и шельфовые воды: залив Терпения, Тауйская губа, акватории у северо-восточного Сахалина, пролив Лаперуза, залив Анива, бухта Нагаева и др. Содержание загрязнителей здесь порой превышает предельно допустимую концентрацию в 5 — 10 раз. В центральной, северо-западной и северо-восточной частях моря отмечается его загрязнение нефтяной пленкой. Наибольшие площади пленки наблюдаются в промысловых районах во время активного лова рыбы и добычи морепродуктов.
По мнению специалистов, степень загрязненности вод открытых районов моря пока значительно не сказывается на состоянии экосистем, относительно устойчивых к действию загрязняющих веществ. Состояние фито- и зоопланктона оценивается как благополучное.
Негативное воздействие на живые богатства моря оказывает нерациональный промысел, что проявляется в нарушениях сроков лова и объемов добычи. В результате этого снижается численность и запасы различных промысловых объектов. Так, оказались подорванными запасы камчатского краба, восточносахалинской горбуши .и др. В последние годы довольно широко распространилось браконьерство, что тоже вредит воспроизводству рыбы и морепродуктов.
Потенциальную экологическую угрозу представляет намечаемое развитие добычи нефти из подводных месторождений на шельфе восточного Сахалина. Возможные проливы буровых растворов и нефти при их распространении в промысловые районы негативно скажутся на всей экосистеме этих районов. Следовательно, использование живых и минеральных ресурсов моря требует разработки и проведения эффективных природоохранных мероприятий.